ბაღდათის მუნიციპალიტეტის აღმასრულებელი ორგანო არის მერია და მუნიციპალიტეტის უმაღლესი თანამდებობის პირი არის მერი, რომელიც წარმოადგენს მუნიციპალიტეტს და უზრუნველყოფს მუნიციპალიტეტის უფლებამოსილებების განხორციელებას. მერი აირჩევა 4 წლის ვადით, პირდაპირი არჩევნებით, საყოველთაო, თანასწორი საარჩევნო უფლების საფუძველზე, ფარული კენჭისყრით. ბაღდათის მერი, პოლიტიკური პარტია “ქართული ოცნება–დემოკრატიული საქართველოს” კანდიდატი – არჩილ გოგსაძე მოსახლეობამ 2017 წლის 21 ოქტომბერს გამართული ადგილობრივი თვითმმართველობის არჩევნების შედეგად, წარმომადგენლობით ორგანო – საკრებულოსთან ერთად აირჩია. ბაღდათის მერმა არჩილ გოგსაძემ ამომრჩეველთა ხმების 63, 08 % მიიღო და არჩევნების პირველივე ტურში გაიმარჯვა.
მერი ხელმძღვანელობს მერიას, რომელიც მუნიციპალიტეტის აღმასრულებელი ორგანოსადმი დაქვემდებარებული დაწესებულებაა და უზრუნველყოფს მერის უფლებამოსილების განხორციელებას. ბაღდათის მერს ჰყავს პირველი მოადგილე და ერთი მოადგილე. მერიის შემადგენლობა კი 9 პირველადი სტრუქტურული ერთეულითაა წარმოდგენილი. სტრუქტურული ერთეულები შესაბამისი დებულებით განსაზღვრული უფლებამოსილების ფარგლებში, უზრუნველყოფენ აღმასრულებელი და წარმომადგენლობითი ორგანოების დავალებების შესრულებას.